分類

ナマコは管足・疣足および呼吸樹の有無、触手の形状や骨片の種類などに基づいて6目23科に分類される[16]。日本産ナマコの分類は、明治時代の動物学者である箕作佳吉（みつくり・かきち）と、彼の仕事を引き継いだ大島廣により完成された。

斑点状の疣足を持つナマコ（Isostichopus badionotus）
イカリナマコ科の1種（Synaptidae sp.）。無足目と隠足目のナマコは管足・疣足を持たない
深海の浮遊性ナマコ（Enypniastes sp.）
  • 樹手目 Dendrochirotida　北方系の種が多い。
    • キンコ科 Cucumariinae：キンコ・グミ
    • ジイガセキンコ科 Psolidae：ジイガセキンコ
    • グミモドキ科 Phyllophoridae：ハマキナマコ
    • スクレロダクティラ科 Sclerodactylidae：イシコ
    • Paracucumidae
    • Placothuniidae
  • 楯手目 Aspidochirotida　食用種として重要なマナマコをはじめ、温帯・熱帯域の海岸付近に住むナマコの多くがこの目に含まれる。
    • クロナマコ科 Holothuriidae：クリイロナマコ・クロエリナマコ・フタスジナマコ・チズナマコ・ジャノメナマコ・クロナマコ・アカミシキリ・チビナマコ・イソナマコ・クロホシアカナマコ・フジナマコ・トラフナマコ・ニセクロナマコ・テツイロナマコ・イシナマコ・ハネジナマコ
    • シカクナマコ科 Stichopodidae：バイカナマコ・マナマコ・アカオニナマコ・シカクナマコ・タマナマコ
    • ミツマタナマコ科 Synallactidae：ゴマフソコナマコ
  • 指手目 Dactylochirotida
    • Rhopalodinidae
    • Vaneyellidae
    • Ypsilothuriidae
  • 板足目 Elasipodida　深海産ナマコを多く含む目。ユメナマコは箕作による命名。
    • カンテンナマコ科 Laetomogonidae：ヒメカンテンナマコ
    • クマナマコ科 Elpidiidae：センジュナマコ・ウシナマコ
    • クラゲナマコ科 Pelagothuriidae：ユメナマコ
    • エボシナマコ科 Psychropotidae：エボシナマコ・トキンナマコ
    • Deimatidae
  • 隠足目 Molpadida　
    • カウディナ科 Caudinidae：シロナマコ
    • Gephyrothuriidae
    • Molpadiidae
  • 無足目 Apodida　大島廣が日本産の分類を完成させた目。ミツクリキクモンナマコ（Myriotrochus mitsukurii）は箕作佳吉への献名である。
    • イカリナマコ科 Synaptidae：オオイカリナマコ・クレナイオオイカリナマコ
    • クルマナマコ科 Chiridotidae：ムラサキクルマナマコ・イボカギナマコ
    • キクモンナマコ科 Myriotrochidae：ミツクリキクモンナマコ